一、請欲集體申辦自然人憑證之單位指定專人負責蒐集並審核欲申請憑證者﹝以下簡稱用戶﹞資料﹝含國民身分證影本、IC卡工本費【新台幣250元】及填寫自然人憑證申請書﹞。
二、請集體申辦單位指定專人蒐集之用戶資料送至本所或由本所指派專人至該單位領取用戶相關資料。
三、由戶政事務所完成製卡並印出「IC卡工本費存根聯及收執聯」、「憑證申請存根聯及收執」、「用戶
代碼函」、「開卡確認書」。
四、 請戶政事務所指派專人將製作完成之卡片及相關文件送至該單位，該單位之每位申請用戶皆必須持國民身分證正本領取自然人憑證IC卡，本所人員必須詳細核對用戶身分確認無誤後，請該用戶於「憑證申請存根聯」及「開卡確認書」簽名確認，並將「IC卡工本費收執聯」、「用戶代碼函」、「憑證申請收執聯」及自然人憑證IC卡當面交給該用戶。
五、 本所指派之專人將該單位每位申請用戶之註冊文件攜回歸檔。
自民國102年4月1日起自然人憑證工本費調降為250元整，之前申辦自然人憑證之民眾不補退差額。